2. Staffel Yugi Mutô ist ein etwas schüchterner aber sehr netter Junge und ein Spielefanantiker. Besonders gerne spielt er "Duell Monsters" wo man mit Monster-, Zauber- und Fallenkarten versucht seinen Gegner zu besiegen. Nachdem Yugi's Freund Joey ihn beim Spielen beobachtet hat ist er wild entschlossen es auch zu lernen. Also geht er zusammen mit Tristan und Tea zu Yugi's Großvater der einen Spieleladen besitzt. Er bringt Joey das Spiel bei und zeigt ihm seine beste Karte, den "Weißen Drachen eiskaltem Blick". Sie bedeutet viel für Yugi's Großvater, nicht weil es sie nur 4mal auf der Welt giebt und sie tierisch wertvoll ist, nein, weil er sie von einem Freund geschenkt bekommen hat und sehr daran hängt. Doch auch der Duell-Monsters-Weltmeister Setô Kaiba ist an dieser Karte interessiert und als Yugi's Großvater sie ihm nicht verkaufen will entführt er ihn. Yugi eilt sofort los um seinen geliebten Großvater zu retten, doch er kommt zu spät. Sein Opa hatte in einem Duell gegen Kaiba verloren und Kaiba zerriss den weißen Drachen mit eiskaltem Blick. Er besaß schon die anderen 3 Exemplare und wollte nur nicht das man sie gegen ihn einsetzt. Yugi ist so wütend das er die macht seines Milleniunmspuzzels aktiviert und sich in YamiYugi verwandelt, einen selbstbewussten und mutigen Duellanten. Mit dem Deck seines Großvaters tritt er gegen Kaiba an und gewinnt im letzen Augenblick mit der stärksten Karte im ganzen Spiel, Exodia, bestehend aus 6Teilen die noch nie jemand zusammengesetzt hatte. Kaiba ist am Boden zerstört und schwört Yugi Rache, doch dieser rät ihm lieber mehr auf das Herz der Karten zu vertrauen als nur auf ihre Macht. Die Welt scheint wieder in Ordnung bis Yugi eines Tages ein Paket bekommt indem ein Video liegt. Als er es in seinen Videorecorder schiebt wird er plötzlich in eine andere Dimension gesogen wo Maxmillan Pegasus, der Erfinder von Duell Monsters, auf ihn wartet. Er will sich mit Yugi in einem 10-Minuten-Duell duellieren, wer nach 10 Minuten die wenigsten Lebenspunkte hat hat verloren. Doch Pegasus kann mithilfe seines Milleniumsauges in Yugi's Handkarten gucken, wodurch Yugi knapp verliert. Pegasus ist scharf auf Yugi's Milleniumspuzzel und entführt die Seele seines Großvaters. Einige Tage später bekommt Yugi eine Einladung ins Königreich der Duellanten, wenn er dieses Tunier gewinnt kann er seinen Großvater retten. Aber auch Joey möchte an dem Tunier teilnehmen, weil er erfahren hat das seine kleine Schwester Serenity kurz davor ist zu erblinden und nur eine sündhaft teure Operation ihr das Augenlicht retten kann. Deswegen will Joey das Preisgeld das der Gewinner des Tuniers bekommt. Jedoch hat er keine Einladung aber Yugi gibt ihm einen seiner Sternchips (siehe "Regeln des Tuniers im Königreich der Duellanten" unten) und er kann mitkommen. Auch Tea und Tristan schleichen unbemerkt als blinde Passagiere mit auf's Schiff das in Richtung Königreich der Duellanten schippert. Aber Pegasus hält nicht nur Yugi's Großvater gefangen sondern auch noch Kaiba's Bruder Mokuba. Er erpresst Kaiba um an dessen Firma, die Kaiba Cooperation, zu kommen. Kaiba schafft es bis ins Königreich der Duellanten als er jedoch auf Pegasus trifft sperrt dieser Mokuba's Seele in eine DuellMonsters Karte, genauso wie er es auch bei Yugi's Großvater gemacht hat. Wenn Kaiba allerdings Pegasus in einem Duell besiegt bekommt er seinen Bruder wieder. Doch bevor er sich überhaupt mit Pegasus duellieren darf muss er erst Yugi besiegen. Nach einigen Kämpfen haben Joey wie Yugi 10 Sternchips beisammen und auch neue Freunde gefunden: Die etwas zickige Mai die sich von dem Preisgeld ein Leben im Luxus leisten will und den Jugen Bakura der ebenfalls ein Millenniumsgegenstand besitzt, den Milleniumsring. Bakura schafft es nicht alle erforderlichen Sternchips zu sammeln, kommt aber als Zuschauer mit in die Burg. Um gegen Pegasus kämpfen zu können fordert Kaiba Yugi zu einem Duell heraus und obwohl er den Blauäugigen Ultradrachen (eine Kombination aus 3 weißen Drachen mit eiskaltem Blick) einsetzt kann Yugi ihn besiegen. Aber Yugi lässt Kaiba gewinnen, weil er durch einen Angriff nicht nur den Ultradrachen sondern auch Kaiba getötet hätte. Yugi's anderes Ich, YamiYugi, hätte alles getan um Kaiba zu besiegen, deswegen hat Yugi angst sich weiter zu duellieren. Als Kainba nun gegen Pegasus antritt wird er besiegt und ebenfalls in einer Karte eingeschlossen. Duch das Zufallsprinzip werden die Gegner für das K.O.-System gewählt. Es lautet wie folgt: Yugi gegen Mai und Joey gegen Bandit Keith (ein schmieriger Schummlertyp der sich seine Sternchips zusammengestohlen hat). Im Duell gegen Mai spielt Yugi wie ein Anfänger weil er ständig damit beschäftigt ist YamiYugi in seinem Herzen zu unterdrücken. Doch als er kurz vor dem Verlieren ist lässt er sich doch von ihm helfen und gewinnt. Trotz mieser Tricks verliert auch Bandit Keith gegen Joey. Im Finale stehen sich nun Joey und Yugi gegenüber und sie schwören sich, wer auch immer dieses Duell gewinnt sie werden Freunde bleiben! Zuerst sah es für Joey sehr gut aus, doch Yuji war definitiv der bessere von beiden. Aber Yugi schenkte Joey das Preisgeld für die Operation seiner Schwester. Im Duell gegen Pegasus haben Yugi und YamiYugi einen Trick herausgefunden. Immer wenn Pegasus versucht ihre Gedanken zu lesen switchen sie hin und her und Pegasus hat keine Chance. Derweil haben sich Tristan und Bakura auf den Weg gemacht um Mokuba aus dem Kerker zu befreien. Doch plötzlich nimmt Bakura's schwarze Seite die Überhand und verbannt erstmal alle Gefängniswärter in das Reich der Schatten. Doch der Geist ist in Mokuba's Körper nicht glücklich und will sich Mokuba unter den Nagel reißen. Das weiß Tristan zu verhindern indem er Bakura's Milleniumsring weit weit weg wirft, was er jedoch nicht weiß, der Geist ist immer noch in Bakura's Körper und sein Zeil ist es alle Milleniumsgegenstände zu sammeln. Pegasus setzt das Duell im Reich der Schatten fort. Duch die hohe körperliche Anstrengung geht Yugi zu Boden und das Spielchen mit dem Hinundherswitchen funktioniert nichtmehr. Noch Yugi konnte mit letzer Kraft eine Karte verdeckt spielen die am Ende das Duell für YamiYugi entschied. Pegasus lässt wie versprochen alle Seelen frei, und plötzlich greift Bakura ihn an und stiehlt ihm sein Milleniumsauge. Yugi und Kosorten finden heraus was Pegasus so kaltherzig grmacht hat. Es war der frühe Tod seiner geliebten Frau Cecilia die er um jeden Preis zurückholen will. Ein rätselhafter Ägypter namens Sha Dee (kennen viele aus dem Manga) taucht auf um denjenigen zu suchen der Pegasus das Milleniumsauge gestohlen hat. Wieder zu Hause angekommen steht vor der Tür der Mutôs ein kleines Mädchen namens Rebecca Hopkins. Sie ist die Enkelin von Arthur Hopkins, der Freund der Yugi's Großvater den weißen Drachen mit eiskaltem Blick schenkte, und sie fordert Großvater zum Duell heraus und beschuldigt ihn den Drachen gestohlen zu haben. Rebecca ist ein Duell Monsters Genie, denn in ihrem zarten Alter von 8 Jahren hat sie schon die Amerikanischen Meisterschaften gewonnen und viele Spitzenduellanten besiegt. Yugi kämpft anstelle seines Großvaters und bringt Rebecca bei die Karten zu achten. Nach dem Duell taucht Arthur auf und liest seiner Enkelin erstmal die Leviten. Als Kaiba in seiner Firma erscheint ist sein Aufsichtsrat nicht sehr begeistert, da sie die Firma übernehmen wollten. Kaiba feuert sie alle und zieht sich in den Keller zurück um sein virtuelles Spiel zu spielen. Jedoch hat der Aufsichtsrat alles umprogrammiert und Kaiba wird in der virtuellen Welt gefangen gehalten. Verzweifelt bittet Mokuba Yugi&Co um Hilfe. Zusammen mit Yugi und Joey reisen sie mit Kaiba's weiteren Prototypen in die virtuelle Welt. Bald schließt sich ihnen auch Mai an die vom Aufsichtsrat hereingelegt wurde und ebenfalls ihr Leben in diesem "Spiel" fristet. Kaiba kann gerettet werden, aber der "Endgegner", der Fünfgötterdrache, ist schier unbesiegbar. Nur durch eine Verschmelzung vom Blauäugigen Ultradrachen und ??? (wie hieß der nochmal?!?!?) konnte er besiegt werden und alle gehen zufrieden in die reale Welt zurück.

Regeln des Turniers im Königreich der Duellanten

I. Jeder Teilnehmer hat am Anfang 2 Sternchips (Joe und Yugi jeweils nur einen weil Yugi Joe einen abgegeben hat) die sie in ihren Duellhandschuh stecken wo 10 Chips reinpassen. II. Man bekommt weitere Sternchips wenn man Duelle gegen andere Duellanten auf der Insel gewinnt. III. Wer keine Sternchips hat wird von der Insel weggebracht, zurück nach Hause. IV. Um in die Burg von Pegasus zu kommen braucht man 10 Sternchips. V. Hat man es in die Burg geschafft tritt man nach dem K.O.-System gegen einander an. VI. Um letztlich gegen Pegasus antreten zu dürfen braucht man eine von 2 speziellen Karten. VII. Der Gewinner des Turniers erhält das Preisgeld und darf sich bei Pegasus was wünschen, was auch erfüllt wird sofern es in Pegasus' Macht steht.

3. Staffel Yami Yugi ist auf der Suche nach seiner Herkunft. Bei einem Besuch einer ägyptischen Ausstellung erzählt ihm Ishizu, dass er ein alter Pharao ist, der vor tausenden von Jahren gegen einen bösen Magier gekämpft hat, der eine unglaubliche Ähnlichkeit mit Kaiba hat. Diesselbe Geschichte erzählt sie Kaiba, der glaubt ihr natürlich kein Wort. Außerdem erzählt sie ihm von den 3 Götterkarten, die stärksten Duell Monsters Karten die es gibt. Sie selbst besitzt nur eine, Obelisk der Peiniger, die sie Kaiba schenkt. Die anderen wurden von sogenannten "Raritätenjägern" gestohlen. Da Kaiba umbedingt das stärkste Deck der Welt haben will, um gegen Yugi zu gewinnen, veranstaltet er ein Turnier, zu dem nur die besten Duellanten der Welt eingeladen werden. Zu diesem "Battle City Turnier" kommen natürlich Yugi, Mai und nach einigen Schwierigkeiten auch Joey. Sie müssen gegen viele verschiedenen Gegner kämpfen um genug Lokalisierungskarten zu gewinnen, die sie dann zum Ort des Finales führt.  Oft wird Yugi von den Gefolgsleuten Mariks herausgefordert. Marik kann mithilfe seines Milleniumsstabs andere Menschen kontrollieren. So schaffte er es sogar einmal Joey in seine Gewalt zu bringen und ihn gegen Yugi kämpfen zu lassen. Aber, wie sollte es auch anders sein, ging die Sache für beide gut aus. In der Endrunde , die auf einem Luftschiff der Kaiba Coperation ausgetragen wird, stehen nun Yugi Mutô, Mai Valentine, Joey Wheeler, Ishizu Ishtar, Marik Ishtar, Odion (Mariks Halbbruder und Diener), Bakura und natürlich Seto Kaiba! Mai wird von Marik in das Reich der Schatten verbannt, was besonders Joey sehr mitnimmt. Nachdem die erste Runde vorrüber ist sind Yugi, Joey, Marik und Kaiba weiter.

4. Staffel Die übriggebliebenen Duellanten sind mit dem Luftschiff auf dem Weg zur Kaiba Coperation Insel, dort soll das Finale stattfinden. Doch plötzlich änders das Luftschiff seinen Kurs, ein Junge namens Noah hat sich in das System gehackt. Sie werden auf eine schwimmende Festung entführt. Dort treffen sie die fünf Vorstandsmitglieder der Kaiba Corperation wieder, die am Ende von Staffel 2 von Kaiba in ein Computerspiel eingeschlossen wurden. Ihre Namen sind Ganzley, Crump, Johnson, Nesbitt und Leichter zusammen besser bekannt als die Big Five. Sie wollen Rache nehmen an Kaiba, haben allerdings ein gravierendes Problem: Sie haben keine Körper mehr, bestehen nur noch aus Daten, da sie so lange in der virtuellen Welt ausharren mussten. Also entführen sie Yugi, Joey, Kaiba, Tristan, Serenity, Duke und Tea in eine Cyberwelt, wo sie sich gegen sie duellieren sollen. Gewinnen sie, bekommen sie ihre Körper und der Geist des Verlieres bleibt im Cyberspace gefangen. Tristan verliert im Duell seinen Körper und lebt nun als Roboteraffe weiter. Die Truppe ist fest entschlossen Tristan's Körper zurückzuholen, doch das wird nicht ganz so einfach. Derweil hat Kaiba ganz andere Sorgen: Mokuba wurde von einem der Big Five entführt und zu Noah gebracht. Dieser redet Mokuba ein, dass er Seto ganz egal sei. Mokuba verliert das Vertrauen in seinen Bruder und steht auf der Seite Noah's. Als Kaiba zu Noah's Versteck vordringen kann, will Mokuba nicht mit ihm kommen. Noah erzählt Kaiba, dass er der leibliche Sohn von Seto's Stiefvater Gozaburo Kaiba ist und ihm eigentlich die Leitung der Firma zusteht. Kaiba glaubt ihm kein Wort, schon allein aus dem Grund, dass Noah innerhalb vieler Jahre kein Stück gealtert ist. Kaiba und Mokuba werden wieder getrennt. Auf der Suche nach Mokuba kommt Kaiba in ein Haus indem er einen Film von Gozaburo und Noah, sowie Noah's Beerdigung sieht. Währenddessen duellieren sich Joey und Yugi um den Körper von Tristan in dem alle Geister der Big Five stecken und gewinnen! Durch einen Kopf auf dem Rücken des Roboteraffen kommen Yugi und die anderen direkt nach Kaibaland, und erfahren die Wahrheit über Noah: Er starb bei einem Unfall, doch sein Vater konnte sein Gehirn in einer virtuellen Welt am Leben erhalten. Noah fordert Kaiba zum Duell heraus. Als Kaiba vorne liegt stellt sich Mokuba vor Noah auf um ihn zu schützen. Da Kaiba seinen Bruder nicht verletzen will bricht er seinen Angriff ab, und verliert viele Lebenspunkte. Er dringt in Mokuba's Unterbewusstsein ein und versucht ihn wachzurütteln, was ihm allerdings zu spät gelingt: Noah gewinnt das Duell und verwandelt die beiden Brüder zu Stein. Daraufhin fordert Yugi Noah zum Duell heraus, aber er ist ziemlich chancenlos. Noah verwandelt nach und nach alle Freunde von Yugi zu Stein. Aber, wie sollte es auch anders sein, kann Yugi durch die Kraft seiner Freunde das Duell gewinnen und alle Versteinerten kehren wieder in ihren normalen Zustand zurück. Daraufhin erscheint Gozaburo Kaiba und erzählt, er habe Seto nur adoptiert um einen geeigneten Körper für Noah zu haben. Aber Noah hat versagt, sein Vater braucht ihn nicht mehr. Er macht sich dünne und plant die virtuelle Welt explodieren zu lassen. Indessen stehen sich Seto und Gozaburo in einem Duell gegenüber, in dem es darum geht, die virtuelle Welt endlich verlassen zu können. Seto gewinnt und alle kehren in die reale Welt zurück.

5. Staffel Endlich kann das Battle City Tunier fortgesetzt werden. Im Kampf Marik gegen Joey verliert Joey und fällt ihn Ohnmacht, nun steht Marik im Finale! Aus dem Kampf Yugi gegen Kaiba wird der zweite Finalist hervorgehen. Die beiden liefern sich mit ihren ägyptischen Götterkarten einen heißen Kampf, und landen bald im alten Ägypten. Dort sehen sie das Duell des Pharaos (Yugi) gegen den Hexenmeister (Kaiba), allerdings leugnet Kaiba jegliche Parallele zwischen dem antiken und dem aktuellen Duell. Wieder zurück hat Kaiba schnell die Oberhand gewonnen, und am Ende sogar drei Weiße Drachen mit eiskaltem Blick auf dem Feld. Doch durch eine geschickte Taktik gewinnt Yugi das Halbfinale und Joey wacht wieder auf. Um zu entscheiden wer den 3. Platz bekommt müssen sich Kaiba und Joey nochmal duellieren, und Kaiba gewinnt. Derweil erscheint die gute Seite von Marik im Körper von Tea bei Ishizu und will sich nun seinen Körper zurückholen und sich in den Kampf um das Schicksal der Erde einmischen. Kurz bevor das Finale, Marik gegen Yugi, beginnt, entschließt sich Kaiba dazu, Yugi die einzige Karte zu geben die den geflügelten Drachen des Ra schlagen kann. Das Duell beginnt und es sieht gar nicht rosig für Yugi aus. Als er Kaiba's Karte zieht kann er Obelisk den Peiniger aufrufen. Ob das das Schicksal noch wendet? Fortsetzung folgt!!